基督教出现后不久，就逐渐分化成以希腊语地区为中心的东派教会和以拉丁语地区为中心的西派教会。在西罗马帝国于476年灭亡前后，罗马主教逐渐成为整个西派教会的领袖，并逐渐形成教皇体制。1054年，东西两派终于分裂。以君士坦丁堡为中心的大部分东派教会自称“正教”，意为保有正统教义的正宗教会。因为地处东方，故又称“东正教”；因为宗教仪式使用希腊语，故又称“希腊正教”。
西派自称公教，即天主教。公教一词源于希腊文Catholic，意思是“普世的”、“大公的”，所以被称为公教；因为它以罗马为中心，所以又称“罗马公教”；Catholic一词按音译，又称“加特力教”，有时也被称为“旧教”，以区别于基督教新教。
15世纪后期，随着一批大中城市的发展，封建制度开始解体，资本主义开始萌芽，许多新兴的民族国家确立了中央集权的王侯统治，以教皇为最高统治者的天主教会逐渐成为资本主义发展的最大障碍。另外，由于天主教会日益腐败，不仅向全体居民征收什一税，还到各国出售赎罪券，致使各国的白银大量流入罗马，不仅影响了各国人民的生活，更严重的是阻碍了资本主义的发展。当时，本来就松弛涣散的神圣罗马帝国和经受了大分裂创伤的罗马教廷，在长期的互相角逐较量中已日渐势微。另外在思想文化方面，文艺复兴唤起了人们新的觉醒，理性主义和批判精神开始在知识分子中传播，一批人文主义者大胆揭露教皇、主教和修道士的虚伪、贪婪和无知……这一切都为宗教改革准备了条件。
1517年，德国威丁堡大学圣经科教授马丁·路德因反对罗马教廷兜售赎罪券而发起宗教改革运动，产生了脱离罗马天主教的新宗派——路德宗，即所谓“新教”（新教后来泛指16世纪宗教改革运动中脱离天主教而形成的各个新宗派如加尔文宗、安立甘宗以及后来从这些宗派中不断分化出来的众多宗派）。宗教改革运动迅即在整个德国形成燎原之势，从而使德意志帝国封建诸侯分成旧教诸侯与新教诸侯两派。在瑞士，茨温利和加尔文等的改革活动进一步扩大和加深了新教的影响。1533年，英王亨利八世出于政治上的原因，由上至下推行宗教改革，组成了独具特色的新教教会。
因马丁·路德的宗教改革运动，1521年，德皇查理五世邀请这个“桀骜不驯的修士”来到乌尔姆斯帝国会议厅，让他在世俗和宗教上层人物面前承认错误，但路德在这里却仍然坚持自己的观点。1529年，帝国议会在德国斯拜耶召开会议，因新派诸侯对会议通过支持天主教压制参加宗教改革运动各派的决定，提出了一项正式抗议，以维护新教权益，故被称为“抗议者”（新教各派统称“抗议宗”或“抗罗宗”即来源于此），结果引起德国内战。
1531年，德意志新教诸侯组成反对皇帝和天主教诸侯的士马卡尔登联盟，虽然当时的德皇查理五世因忙于对法战争，无暇顾及该联盟的存在，但天主教会还是用各种方式试图制止新教的传播，如1545年他们召开了一次宗教会议以抵抗新教的传播。当查理五世于1546年回国的时候，士马卡尔登联盟因分裂而影响不断减小，次年，查理五世趁此有利时机战胜新教诸侯，联盟土崩瓦解。1550年，查理五世颁布“血腥诏令”，严禁宗教改革宣传，同时镇压再洗礼派（16世纪欧洲宗教改革运动中的激进派或左派，该派最突出的特点在于主张惟成年受洗方为有效）。但是，德皇皇权的增长也引起了教皇和天主教诸侯的不安，在这场博弈中，教皇和天主教诸侯组成了反德皇同盟，新教中的路德宗等宗派紧跟其后。1555年，战败的查理五世被迫签订了《奥格斯堡和约》，承认路德宗为合法新教派，并根据“教随国定”原则，承认各国诸侯有权选择新教为其国教，于是新教正式成为合法的教派了。
在进行战争的同时，天主教的其他人员也没闲着，他们忙着修改教义等各项工作。毕竟，经过多年的残酷统治，天主教的名声现在不是太好。1563年，召开了18年的会议终于将天主教的信仰原则重新加以定义，并同“因信称义”学说划清界限；教皇、主教和神甫重新成为上帝的仆人而不再是争权夺利的贵族，他们应更多地关注信徒，特别是关注穷人。这场史称“反宗教改革”的改革很快让很多人重新回到了天主教会。不过还是有不少人对天主教徒的行为不满，1616年，有人对英国牧师特里说：“基督教是魔鬼的宗教；基督教徒时常酗酒；基督教徒时常干坏事；基督教徒时常打人；基督教徒时常辱骂别人。”
尽管天主教的教义现在“亲民”成分多了一些，很多人也回到了天主教会，新教也成了合法的宗教，但天主教与新教之间还远远没有达到和解的地步，它们之间还是经常性地进行战争。1572年8月24日法国的巴托罗缪之夜成了惨剧的顶峰。天主教的狂热分子在这个暗夜屠杀了大约2万名新教信徒。但即使如此，新教也不可能长期受到压制。1596年，波兰宣布东正教与天主教合并，为天主教在新教与东正教的结合部打下了一个楔子。在1598年的“南特敕令”中，法国新教教派有了和其他教派在国内活动的平等权利。
17世纪初期，欧洲的新教与天主教的矛盾不断扩大，如捷克人以新教为武器反对神圣罗马帝国对自身的统治，同时帝国的其他诸侯国也希图摆脱帝国和天主教的统治。在捷克起义成功后，人民立新教同盟的首领为新国王，于是暴怒的罗马教皇和天主教同盟要求神圣罗马帝国政府镇压起义，它们向当时最为强大的西班牙求助。在新教同盟这一边，为了摆脱罗马天主教廷的控制，欧洲各诸侯国也纷纷参与进来，西欧、中欧和北欧的国家几乎全部参战，1618年，“三十年战争”爆发。战争的目的开始时还是为了捍卫宗教信仰，但当胜利的皇家天主教大军把教会财产划归帝国时，当地信仰天主教的公侯一起起来反对皇帝——他们不希望皇帝过于强大。对这些天主教诸侯来说，权力比信仰更为重要。
当欧洲各国都卷入战争时，权力问题已经居于首位，这不单单对天主教诸侯来说是这样，世俗政权同样如此。瑞典国王古斯塔夫·阿道夫率领军队为新教而战，特别想把北德从天主教手中夺回来，以保障瑞典在波罗的海地区的主导地位——信奉天主教的法国却支持了他，战争早已不再是为了宗教。法国所希望的是取代已经四分五裂、在战争中大大削弱了实力的德国在欧洲的领导权，最终它达到了这个目的。
“三十年战争”结束后，1648年10月，两大同盟达成《威斯特法利亚和约》，确认了1555年的《奥格斯堡和约》，并在一点上做了重要补充：臣民们不再有义务接受上层的宗教信仰。德意志各天主教诸侯的权势通过这个和约得到加强，皇帝的力量相应削弱。瑞士和尼德兰变成了独立的国家……
1800年前后，在世界上那些已被西方文明所统治的地区内，天主教与新教基本上是平分秋色了。